A variante sul-africana do coronavírus, conhecida como B.1.351, foi identificada pela primeira vez no Brasil em um paciente da cidade de Sorocaba, no interior de São Paulo, por meio de estudo realizado por pesquisadores Universidade de São Paulo (USP), do Instituto Butantan e da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). A variante africana é a que mais preocupa os cientistas por ser mais transmissível que as outras cepas e por ser a mais resistente aos anticorpos. Segundo a pesquisa, o paciente que carregava a variante sul-africana não tinha histórico de viagem e também não havia se encontrado com pessoas que viajaram para fora do Brasil, o que sugere que o vírus foi introduzido por viajantes vindos do exterior, levando à transmissão local da variante.

No entanto, uma análise profunda do perfil mutacional desta cepa demonstrou que, em comparação com a referência sul-africana, o material genético carregava três mutações específicas. Isso sugere que a variante detectada também pode ser uma evolução da variante brasileira, a P.1. Os pesquisadores afirmam que mais pesquisas são necessárias para mapear a real origem desta variante no Brasil. Os pesquisadores analisaram cerca de 217 amostras até março de 2021: 2 de Araçatuba, 64 de Santos, 65 de Campinas, 24 de São Paulo, 3 de Marília, 32 de Sorocaba, 26 de Ribeirão Preto e 1 de Taubaté. O estudo mostrou que maioria das sequências pertenciam à linhagem P.1 (64,05%), variante de Manaus, seguido pela B.1.1.28 (25,34%), que era a de maior distribuição no país e provavelmente deu origem à P.1. A variante britânica, a B.1.1.7,  foi detectada em 5,99% dos casos.